北京协和医学院由美国洛克菲勒基金会于1917年创办，它最早开启了我国八年制临床医学教育和高等护理学教育的先河，在我国医学教育领域具有特殊的地位和独特的社会影响力。协和医学院作为卫生部唯一直属高校，与中国医学科学院（简称医科院）实行院校合一的管理体制。
　　协和医学院“高进、优教、严出”的精英培养模式，不仅造就了张孝骞、林巧稚、黄家驷、吴阶平、聂毓婵等中国医学界的泰斗，还为我国医学事业培养了一大批享誉国内外的著名临床医学家、医学科学家、医学教育家、护理学家和医政管理家，在国内外享有很高的声誉。
　　根据教育部、卫生部签署的清华大学与我校紧密合作办学协议，以及两校关于落实两部协议的实施意见，协和医学院进入了“211”和“985”工程建设项目。目前学校设有基础学院、临床学院、护理学院、公共卫生学院、研究生院、继续教育学院等6个学院，已建成由博士后、博士、硕士、本科生、专科生教育以及成人教育组成的多层次医学教育体系。学校现有全日制学生3986人，其中研究生2838人，本科生909人，专科生239人。
 

1906年，英国伦敦会与英美其他五个教会合作开办了协和医学堂，为协和医学院的前身。1917年9月由美国洛克菲勒基金会帮助建立北京协和医学院，开办医预科，附属医院为北京协和医院。1919年10月开办医学本科，学制为八年制。1929年被国民政府教育部改名为私立北平协和医学院。1930年，协和医学院获中华民国教育部认可立案。1941年太平洋战争爆发后，美日处于战争状态，其医学院、医院和护士学校相继停办。1942年初，协和医学院被日军占领而被迫关闭。1945年日本投降后，中华医学基金会与协和医学院校董事会派代表从日军手中收回全部校产，重建协和医学院，并于1947年10月第一次复校。1949年9月复称北京协和医学院。1951年更名中国协和医学院。1959年，经国务院批准，在原协和医学院的基础上成立了8年制的中国协和医科大学。文化大革命期间，学校停办。1979年8月复校，校名改为中国首都医科大学。1985年改为中国协和医科大学。2007年5月18日，中国协和医科大学正式更名为“北京协和医学院”。鉴于与清华大学合作办学需要，有时使用“北京协和医学院—清华大学医学部”这一的名称。

公共卫生学院、临床医学院、护理学院、护理医学院。

双一流建设学科：生物学、生物医学工程、临床医学、药学

一级学科国家重点学科：生物学。

二级学科国家重点学科：免疫学、病理学与病理生理学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、妇产科学、肿瘤学、麻醉学、内科学。

三级学科国家重点学科：外科学（胸心外科）、外科学（骨外科）。

国家重点培育学科：外科学（普外科）。

一级学科北京市重点学科：基础医学。

二级学科北京市重点学科：护理学、眼科学、流行病与卫生统计学。

三级学科北京市重点学科：外科学（普外科）。

国家级精品课程：妇产科学、放射诊断学。

北京市精品课程：放射诊断学、神经病学、病理学。